Comment surveiller la Covid dans les eaux usées ?

Le rebond de l'épidémie pourrait être pour bientôt, notamment en Ile-de-France. Comment le sait-on ? En analysant les eaux usées : la concentration du virus SARS-CoV-2 y a augmenté de 50% en trois semaines selon le réseau Obépine, qui surveille sa dynamique grâce notamment aux prélèvements effectués dans 150 stations d'épuration réparties sur toute la France.

Une usine de traitement des eaux usées © Wix

Où en sommes-nous dans la lutte contre la Covid ? Demandez à vos sanitaires : ils pourraient bien avoir la réponse. Car lorsqu'une personne contaminée va aux toilettes, le virus présent dans les excréments et les urines contamine les eaux d'évacuation : on mesure donc la concentration de virus dans l'eau pour savoir à quel point il est présent dans la population. Chaque semaine, dans les stations d'épuration, des prélèvements sont réalisés pour mesurer la quantité de Covid-19 dans les eaux usées. « La Covid, comme tous les virus humains, est rejetée par nos sécrétions. Donc forcément, on la retrouve dans les eaux usées, explique Sam Azimi, directeur adjoint au service public de l'assainissement francilien. On recherche donc les traces du virus au travers de son ARN* (acide ribonucléique), pour savoir s'il est présent et en quelle quantité. »

Ces échantillons sont ensuite envoyés à des laboratoires pour être analysés. L'opération permet de déceler le virus dans les eaux usées et de le traquer en temps réel, avant tout dépistage ou apparition de symptômes. Un outil qui s'avère précieux pour prévenir l'évolution de l'épidémie. Selon Vincent Maréchal, professeur en virologie à la Sorbonne, les prélèvements réalisés début janvier sur les eaux usées d'Ile-de-France témoignent d'une « remontée » de la circulation de Covid-19. « Le virus est en train de circuler à nouveau, on est sur un plateau qui est élevé. Cette augmentation semble s'inscrire dans une tendance qu'il va falloir confirmer. »

Inquiétude grandissante à Paris et à Marseille

L'augmentation de la concentration en virus dans les stations d'épuration franciliennes pourrait annoncer une hausse du nombre de cas positifs dans la capitale, notamment en raison des rassemblements des fêtes de fin d'année. La semaine dernière, la maire de Paris Anne Hidalgo confiait ainsi au Parisien être « inquiète » de cette remontée. « C'est une véritable course contre la montre : c'est pour cela qu'il faut vacciner le plus vite possible, le maximum de personnes possible », alertait-elle. À Marseille, l'une des premières villes à utiliser cette méthode d'analyse des eaux usées, les nouvelles venant des égouts sont mauvaises, constate le maire Benoît Payan. « La présence du virus semble s'accroître de manière très inquiétante...», a-t-il déclaré le 10 janvier sur Franceinfo. Dans la cité phocéenne, ce sont les marins-pompiers qui traquent le virus en sous-sol.

* Acide nucléique essentiel dans le transport du message génétique et la synthèse des protéines.